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Text File  |  1994-07-07  |  2.8 KB  |  79 lines  |  [TEXT/EDIT]
  1. Research in membrane proteins is an intensively active area in which
  2. new programs should be of considerable interest to workers in the
  3. field. With regard to this, Gunnar von Heijne and I have developed a new
  4. release of our application now called TopPred II. This freeware
  5. program can be used for predicting transmembrane segments in integral
  6. membrane proteins and their possible topology. TopPred II has been
  7. designed for Macintosh computers, using THINK Pascal 4.0. It can be
  8. freely obtained from the EMBL server.
  9.  
  10. The essential differences with respect to older versions are:
  11.  
  12. o It requires a 6.0.2 system or beyond.
  13.  
  14. o It is a completely stand-alone application, so all the default
  15. parameters and scales are built in modifiable resources.
  16.  
  17. o Decimal numbers can ONLY be introduced with colons ('.'). The use of
  18. commas (',') will lead to bizarre results
  19.  
  20. o There are more extensive evaluations of data overflow.
  21.  
  22. o It respects, as far as I can, the standard Apple file- and window-
  23. handling procedures.
  24.  
  25. o In addition to GES, GvH1, KD and OMH scales, a new one, PA, has been
  26. introduced permitting a different kind of prediction of transmembrane
  27. domains. This new method is very close to the von Heijne's trapezoid
  28. one.
  29.  
  30. o The algorithm has been modified to slightly reduce the time of
  31. calculation. However, increasing the number of "putative"
  32. transmembrane domains, the time taken to calculate will rise
  33. exponentially.
  34.  
  35. o Input sequence files are limited to 2000 amino acids, and with no
  36. more than 30 transmembrane segments.
  37.  
  38. o Sequences can be handled one by one or in groups of up to 20. For
  39. this purpose, TopPred II can build a file of sequence paths.
  40.  
  41. o In dialogs asking for parameters, only relevant ones can be
  42. modified.
  43.  
  44. o The hydrophobicity profile, transmembrane segments and topology
  45. predictions can be requested independently.
  46.  
  47. o The topologies are also shown graphically as a simple diagram, which
  48. is easier to understand
  49.  
  50. o The graphic topologies are ranked according to their degree of bias
  51. in the distribution of positively charged residues. The first one to be
  52. displayed should be taken as the best.
  53.  
  54. o All the displayed results (texts as well as graphics) can be printed
  55. out and saved in files that can be imported by other programs.
  56.  
  57. Enclosed are three example files which show different sequence formats
  58. allowed by TopPred II. No file-of-sequences is provided since this
  59. kind of file is absolutely dependent on the folder that contains the
  60. sequences.
  61.  
  62. It is well recommended to read the CABIOS article (and the papers
  63. cited therein) which is also part of the enclosed documentation.
  64.  
  65. Please, let me know all the suggestions, bugs or problems you find in
  66. TopPred II. Any encouraging message is also welcome.
  67.  
  68.  
  69.  
  70. Manuel G. Claros
  71.  
  72. Ecole Normale Superieure  
  73. Laboratoire de Genetique Moleculaire  
  74. 46 rue d'Ulm  
  75. 75230 Paris cedex 05
  76. France
  77.  
  78. claros@biologie.ens.fr
  79.